Роль микро-РНК, генов их биогенеза и функционирования в развитии патологических состояний у человека - Студенческий научный форум

XI Международная студенческая научная конференция Студенческий научный форум - 2019

Роль микро-РНК, генов их биогенеза и функционирования в развитии патологических состояний у человека

 Комментарии
Текст работы размещён без изображений и формул.
Полная версия работы доступна во вкладке "Файлы работы" в формате PDF
Введение

Микро-РНК (miRNA) принадлежат к малым некодирующим РНК, представляющим важную регуляторную роль в процессах развития и функционирования организма на всех этапах онтогенеза. Именно этим выясняется увлечение ученых к данному классу молекул. Можно обособить несколько направлений исследования miRNA (как собственно miRNA, так и генов их биогенеза и функционирования): освоение спектра, устройства, локализации генов, специфика функционирования, вида взаимодействий, уровня экспрессии и ее роли в различных тканях в норме и при патологических состояниях. Кроме того, активно ведутся поиск и изучение генов-мишеней для разных miRNA. Для решения поставленных задач в рамках данных направлений проводятся как экспериментальные работы (в том числе и на модельных организмах), так и исследования с использованием биоинформационных технологий.

Микро-РНК

В соответсвии с предварительными данными, около 1% от всех генов человека кодируют miRNA, которые регулируют продукцию примерно 10% [31], а по некоторым данным — и более 30% [16] всех кодирующих белки генов. Гены miRNA могут быть локализованы в интронах и экзонах кодирующих и не кодирующих белки генов, в межгенных регионах, а также в гетерохроматиновых районах хромосом и т.д. [4, 10, 11, 25, 30, 32, 50, 51]. Считается, что у человека до половины и более генов miRNA расположены в интронах кодирующих белок ге- нов [33, 34, 40, 50, 54, 55, 61].

Микро-РНК могут угнетать экспрессию генов или повторяющихся (в том числе, мобильных) элементов генома, если их нуклеотидные градации комплиментарны соответствующим градациям в генах-мишенях. Подавление экспрессии может происходить на уровне как транскрипции (путем изменения структуры хроматина), так и трансляции. В последнем случае мишенями могут служить 3’UTR матричной РНК, а в некоторых случаях — и кодирующих участков мРНК. При полной комплиментарности miRNA с мРНК случается упадок мРНК-мишени (такое взаимодействие более характерно для siRNA), а при неполной гомологии — сцепление с 3’UTR мРНК, которое ведет к подавлению трансляции (более характерно для miRNA) [21, 40, 41].

Как правило, в одном транскрипте мРНК-мишени в 3`-UTR могут быть два и более участка сцепления как с одной и той же, так и с разными miRNA; эти сайты зачастую эволюционно консервативны [23]. С противоположной стороны, для одной и той же miRNA в качестве мишеней могут предназначаться мРНК различных генов. В нынешнее время справка о miRNA обобщена в различных базах данных, которые созданы не только для хранения информации, но и в качестве инструмента поиска новых miRNA, установления их мишеней и функциональной значимости и т.д. [8, 46, 47]. Табл. 1 иллюстрирует часть из них. Так, у человека, по разным базам данных, число предсказанных с использованием биоинформационного подхода miRNA, обладающих межвидовой консервативностью, варьирует от 131 до 470, число генов-мишеней — от 3455 до 15 274, число сайтов связываний — от 22 837 до 284 714 (табл. 1). В базе данных http://mirdb.org [71] для человека предоставлена информация о 703 miRNA, для которых предполагается присутствие 236 543 мишеней, расположенных в разных генах (из них 16 856 принадлежат к разряду уникальных). Полученные с использованием биоинформационных подходов сведения о количестве miRNA, их генах-мишенях являются предварительными и требуют дальнейшего экспериментального обоснования. Вероятно, что определенные miRNA одновременно оказывают влияние на посттранскрипционную регуляцию экспрессии комплекса белковых молекул, задействованных в одной и той же генной сети, либо эти эффекты могут быть раз- ведены во времени (происходят на разных стадиях онтогенеза) или в пространстве (эффекты проявляются в разных тканях и органах).

То, что экспрессия miRNA тканеспецифична и может отличаться в норме и при патологии, подтверждается многочисленными экспериментальными исследованиями [19, 36, 52, 62, 63]. Тканеспецифичость экспрессии с высоко долей вероятности может показывать вовлеченность соответствующих miRNA в обеспечение работы генов, функционально-активных в соответствующих тканях. То же объективно и в отношении разных в паттерне экспрессирующихся miRNA на различных стадиях онтогенеза.

Что касается особенностей экспрессионного профиля miRNA при различных патологических состояниях, то однозначно определить, является ли это причиной или следствием развития патологии, можно только при проведении специально спланированных экспериментальных исследований. Если устанавливается, что увеличение/снижение уровня miRNA при определенных заболеваниях является его причиной, то становится возможным использование новых под- ходов для разработки лекарственных препаратов [22, 49, 62, 69].

В одном из таких исследований [49] на основании анализа уровня экспрессии miRNA в сердце мышей с использованием биочиповых технологий было показано, что при ишемических/реперфузионных повреждениях сердца был существенно повышен только уровень экспрессии miR-320, причем как invitro, так и exvivo. Этими же авторами установлено, что у транс- генных мышей с повышенным уровнем экспрессии в сердце усиливается апоптоз и увеличивается инфарктная зона в сердце при ишемии/реперфузии invivo и exvivo по сравнению с контролем, но при введении таким животным антогониста к miR-320 зона инфаркта сокращается. Мишенью для miR-320 является мРНК гена Hsp20, продукт которого известен как кардиопротективный протеин. Согласно мнению авторов, полученные результаты позволяют заключить, что miR-320 может рассматриваться в качестве новой терапевтической мишени при ишемической болезни сердца. Не- смотря на то, что исследование выполнено на модельных организмах, такое заключение является правомочным в связи с тем, что для miRNA различных организмов характерен высокий эволюционный консерватизм (табл. 1).

Как правило, при развитии патологических состояний меняется уровень экспрессии не одной, а множест- ва miRNA (табл. 2). В настоящее время уже доказано,

что различные раковые опухоли отличаются по профилям miRNA [6]. Аналогичные данные накапливаются и в отношении других патологий.

В базе данных miR2DiseaseBase [73] для таких заболеваний сердечно-сосудистой системы, как гипертрофия сердца, кардиомиопатия, врожденные заболевания сердца, сердечная недостаточность, ишемическая болезнь сердца, инфаркт миокарда (табл. 2) указан перечень miRNA, которые, так или иначе, связаны с развитием соответствующих патологий. Так, за период с 2006 по 2008 гг. описано 58 miRNA, которые могут быть задействованы в развитии гипертрофии сердца. Ряд miRNA, отнесенных в 2007 г. к категории аберрантно экспрессирующихся при гипертрофии сердца, что предполагало возможное их участие в развитии этой патологии (см. «miR2DiseaseBase»), в последующем был отнесен к категории существенно влияющих на развитие гипертрофии (табл. 2)

Некоторые показатели по числу микро-РНК и их мишеней, предсказанных разными методами, для человека [46]

Таблица 1

Таблица 2

Микро-РНК, вовлеченные в формирование предрасположенности к заболеваниям сердечно-сосудистой системы (составлено по базе данных «miR2DiseaseBase» ) [73]

О неслучайности выявленных ассоциаций различных miRNA с развитием патологических процессов, приводящих к заболеваниям сердечно-сосудистой системы, свидетельствует то, что на одни и те же малые регуляторные РНК указывают разные авторы, а для ряда патологий спектр задействованных miRNA перекрывается. Например, hsa-miR-1, на долю которой приходит- ся до 40% от всех микро-РНК, экспрессирующихся в сердце взрослых индивидов [48], оказалась вовлечена в формировании предрасположенности к таким патологиям, как гипертрофия сердца, сердечная недостаточность, ИБС, кардиомиопатия (табл. 2).

Вместе с тем, изменения в уровне экспрессии одной и той же miRNA могут регистрироваться при различных патологических состояниях. Помимо заболеваний сердечно-сосудистой системы hsa-miR-1 задействована в развитии мозжечковой нейродегенерации (в отсутствие данной miRNA), эндометриоза, чешуйчато-клеточной карциономы головы и шеи, гепатоклеточной карциномы, миелопролиферативных нарушений, пигментной дегенерации сетчатки, рабдомиобластомы (miR2DiseaseBase). Аналогичная картина наблюдалась и для hsa-miR133a, для которой, помимо заболеваний сердечно-сосудистой системы, показаны ассоциации с раком мочевого пузыря, эпителиальным раком яичников, мультиформной глиобластомой, гепатоклеточной кар- циномой, некоторыми другими формами карциномы, пигментной дегенерацией сетчатки и другими патологи- ями (miR2DiseaseBase).

В ряде работ показана вовлеченность полиморфных вариантов, локализованных в генах miRNA, в формирование предрасположенности к онкологическим заболеваниям. Так, в объемных исследованиях (с точки зрения как числа обследованных индивидов, так и спектра при- влеченных к исследованию SNP — 17 в генах miRNA, а также 24 — в генах белков биогенеза и функционирования miRNA) проведен поиск полиморфных вариантов, предрасполагающих к почечно-клеточной карциономе [29], аденокарциноме пищевода [66] и раку мочевого пузыря [65]. Для аденокарциномы пищевода выявлена статистически значимая ассоциация SNP (rs 6505162), локализованного в регионе mir423 (отношение шансов — OR=0,64, 95% доверительный интервал (CI) составил 0,51—0,80, p<0,0001) [66], а при раке мочевого пузыря были показаны пограничные значения (p<0,06—0,09) для SNP, находящихся в генах четырех miRNA (mir423; mir492; mir26a-1 и mir124-1) [65]. Причем, отмечались различия в эффектах miRNA в зависимости от пола, возраста и некоторых экзогенных факторов, что может указывать на опосредованное влияние факторов внешней и внутренней среды организма на функционирование miRNA.

Таблица 3

Некоторые потенциальные мишени miRNAhsa-miR-1 и их функция

(по базе данных «Microsoms» Европейского биоинформационного

института [74])

Гены-мишени miRNA

Поскольку эффективность регуляции экспрессии ге- нов определяется комплиментарностью между малыми РНК и сайтом связывания, локализованным, как правило, в 3’UTR генов-мишеней, высказано предположение,

что полиморфизм сайтов связывания miRNA является неблагоприятным и может рассматриваться в качестве причинного фактора развития различных заболеваний у

человека [53]. Вместе с тем, для человека были показаны межэтнические различия по частотам SNP, в том числе и в UTR (эта информация является результатом обобщения сведений из различных баз данных, сформированных при расшифровке генома человека), причем, плотность SNP в геноме не одинакова и она достоверно ниже в сайтах связывания матричной РНК с малыми регуляторными РНК [53]. Вышесказанное указывает на вероятность участия естественного отбора в формировании структуры регуляторных участков генов.

Выше отмечалось, что hsa-miR-1 вовлечена в формирование предрасположенности к заболеваниям сердечно-сосудистой системы (табл. 2). В качестве возможных механизмов ее воздействия рассматриваются:

1): негативная регуляция экспрессии генов CALM и

Mef2a, ассоциированных с гипертрофией;

2) вклад в реэкспрессию генов канала синусового узла HCN2 и HCN4;

3) регуляция аритмогенного потенциала путем воз- действия на GJA1 и KCNJ2;

4) посттранскрипционная репрессия HSP60, HSP70, влияющая на апоптоз;

5) регуляция уровня Hand2 во время кардиогенеза. Доказано, что помимо приведенных выше генов ми-

шенями для hsa-miR-1 являются мРНК генов Hand2, HDAC4, TMSB4X, KCNJ2. Так, продукт гена Hand2 является транскрипционным фактором, определяющим экс- пансию кардиомиоцитов в желудочки при формировании сердца, и hsa-miR-1 «титрует» его эффект на критические сердечные регуляторные белки, контролирую- щие баланс между дифференциацией и пролиферацией во время кардиогенеза [70].Таким образом, в соответст- вии с современными представлениями о влиянии одной и той же miRNA на уровень трансляции ряда белков, уже проведенные исследования позволяют заключить,

что hsa-miR-1 вовлечена в регуляцию экспрессии ряда

mi-RNA и неврологические заболевания

(по Weinberg, Wood, 2009 [62] и базе данных «miR2DiseaseBase» [73])

Таблица 4

генов, продукты которых отвечают за развитие и функционирование сердца.

Однако регулирующий потенциал данного класса молекул может быть существенно выше, так как, согласно информации, содержащейся в различных базах данных (miRanda [75], TargetScan [77], Pictar [72]), для miRNAhsa-miR-1 потенциально мишенями могут быть сотни генов (например, в базе miRanda для hsa-miR-1 к числу предполагаемых мишеней отнесен 901 ген). Относительно небольшая выборка этих генов, приведенная в качестве иллюстрации в табл. 3, свидетельствует о широком спектре физиологических процессов, в которые может быть вовлечена данная miRNA. В базе данных TargetScan указывается 584 потенциальных мише- ней hsa-miR-1, которые содержат 636 консервативных и 136 слабоконсервативных сайтов связывания.

Приведенные выше данные косвенно свидетельствуют о возможном влиянии SNP в сайтах связывания miRNA на развитие патологических состояний. Однако есть и прямые доказательства этого, в частности изменения в сайтах связывания miRNA ряда генов регистрировалось при неврологических нарушениях (табл. 4). Вообще, при болезнях нервной системы, выявлены самые разнообразные генетические нарушения, связанные с miRNA: множественные нарушения в уровне экспрессии miRNA, в том числе и вследствие изменения работы генов их биогенеза и функционирования (Diser при болезни Паркинсона, спиноцеребеллярной атак- сии 1-го типа; FRM1 — при синдроме Туретта); наличие SNP в гене miRNA или рядом с ним (шизофрения, синдром Туретта); нарушения регуляции экспрессии генов, ассоциированных с той или иной патологией (гены miRNA) и др.

В данном обзоре, не претендуя на всесторонне рас- смотрение роли miRNA в развитии патологии, предпринята попытка выделить некоторые ключевые звенья, которые могут быть высокоинформативны при изучении генетических факторов, определяющих функционирование организма как в норме, так и при различных патологических состояниях (рисунок). Микро-РНК кодируются генами, значит, как их количество, так и качество работы могут зависеть от наличия/отсутствия в их структуре полиморфных вариантов, локализованных в регуляторных участках гена, сайтах связывания с мРНК генов-мишеней, возможно, в других участках, определяющих формирование шпилечной структуры. Кроме то- го, количество молекул какой-либо miRNA, а значит, и эффективность ее работы могут определяться не только уровнем экспрессии гена miRNA, но и числом копий генов, так как для многих из них характерна многокопийность.

Поскольку биогенез miRNA, а также их функционирование определяется комплексом белков и ферментов, то особенности структуры их генов также могут играть важную роль в определении эффективности работы данного класса регуляторных РНК. Конечно, мутации в генах, приводящие к грубому нарушению работы белков, обеспечивающие биогенез и функционирование miR- NA, с учетом их функционального значения, должны быть летальны или приводить к серьезным нарушениям развития. Но полиморфные варианты в отдельных генах либо неблагоприятные сочетания генотипов, влияющих на структуру белковых комплексов, задействованных на разных этапах функционирования miRNA, могут изменять эффективность их работы. Наконец, гены-мишени miRNA, которые, в зависимости от структуры, могут приводить к наработке различающихся по свойствам

Биологическая роль микро-РНК и генов, обеспечивающих их биогенез и функционирование

белковых продуктов, также будут определять особенно- сти протекания физиологических процессов. В отношении влияния miRNA на уровень экспрессии белков генов-мишеней важным представляется соответствие структуры сайтов связывания как в участках зрелой miRNA, так и в участках мРНК. Логично предположить,

что при наличии полиморфных сайтов, влияющих на уровень транскрипции мРНК, экспрессия на трансляционном уровне может модифицировать в зависимости от эффективности ингибирования синтеза белка, определяемой структурой последовательностей критических участков зрелой miRNA и их сайтов связывания с мРНК генов-мишеней.

Таким образом, накапливающаяся в настоящее вре- мя информация о miRNA свидетельствует об их важней- шей регуляторной роли и указывает на необходимость изучения разных аспектов, касающихся биогенеза и функционирования этого класса молекул, с помощью не только экспрессионных, но и классических молекулярно-генетических подходов.

Список литературы

1. Бабушкина Н.П., Кучер А.Н. Генетическая основа функционирования малых регуляторных РНК у человека / Генетика

человека и патология: Сборник научный трудов / Под ред В.П. Пузырева. Вып. 8. — Томск: Печатная мануфактура, 2007.

С. 219—228.

2. Вильгельм А.Э., Чумаков С.П., Прасолов В.С. Интерференция РНК: биология и перспективы применения в биомедицине и биотехнологии // Мол. биол. — 2006. — Т. 40, №3. — С. 387—403.

3. Катохин А.В., Кузнецова Т.Н., Омельянчук Н.А. ми-РНК — новые регуляторы активности генов у эукариот // Вестник ВОГиС. — 2006. — Т. 10. — С. 241—272.

4. Кленов М.С., Гвоздев В.А. Формирование гетерохроматина: роль коротких РНК и метилирования ДНК // Биохимия.— 2005. — Т. 70. — Вып. 11. — С. 1445—1458.

5. Рогаев Е.И. Малая РНК в развитии и заболеваниях мозга человека // Биохимия. — 2006. — Т. 71. — Вып. 1. — С. 127—131.

6. Рязанский С.С., Гвоздев В.А. Короткие РНК и канцерогенез // Биохимия. — 2008. — Т. 73.—Вып. 5. — С. 640—655.

Asada S., Takahashi T., Isodono K. et al. Downregulation of Dicer expression by serum withdrawal sensitizes human endothelial cellstoapoptosis//Am.J.Heart.Circ.Phisiol.—2008.—Vol.295.

— P. H2512—H2521.

Bao L., Zhou M., Wu L. et al. PolymiRTS Database: linking polymorphisms in microRNA target sites with complex traits // Nucleic Acids Research. — 2006. — Vol. 35. — P.D51—D54.

Bartel D.P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function // Cell. — 2004. — Vol. 116. — P.281—297.

Bascerville S., Bartel D.P. Microarray profiling of mic- roRNAsrevealsfrequentcoexpressionwithneighboringmiRNAand host genes // RNA. — 2005. — Vol. 11. — P.241—247.

Berezikov E., Cuppen E., Plasterk R.H.A. Approaches to microRNAdiscovery//Nat.Genet.Suppl.—2006.—Vol.38,¹6.

— P. S2—S7.

Bernshtein E., Caudy A.A., Hammond S.M., Hannon G.J. Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNAinter- ference // Nature. — 2001. — Vol. 409. — P.363—366.

Boehm M., Slack F. A Developmental Timing MicroRNA and Its Target Regulate Life Span in C.elegans // Science. —2005.

— Vol. 310. — P. 1954—1957.

Carmell M.A., Xuan Zh., Zhang M.Q., Hannon G.J. The argonaute family: tentacles that reach into RNAi, developmental control, stem cell maintenance, and tumorigenesis // Genes and de- velopment. — 2002. — Vol. 16. — P.2733—2742.

Chen J.F., Murchison E.P., Tang R. et al. Targeted deletion ofDicerintheheartleadstodilatedcardiomyopathyandheartfailu- re // PNAS. — 2008. — Vol. 105, ¹6. — P.2111—2116.

Chen K., Rajewsky N. Natural selection on human mic- roRNAbindingsitesinferredfromSNPdata//Nat.Genet.—2006.

— Vol. 38, ¹12. — P. 1452—1456.

Chendrimada T.P., Gregory R.I., Kumaraswamy E. et al. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing. (Letter) // Nature. — 2005. — Vol. 436. — P.740—744.

Cheng A.M., Byrom M.W., Shelton J., Ford L.P. Antisense inhibition of human miRNA and indications for an involvement of miRNA in cell grows and apoptosis // Nucleic Acids Research. — 2005. — Vol. 33, ¹4. — P.1290—1297.

Cohen A., Shmoish M., Levi L. et al. Alteration in Mic- ro-Ribonucleleicacidexpressionprofilesrevealanovelpathwayfor estrogen regulation // Endocrinology. — 2008. — Vol. 149, ¹4.— P.1687—1696.

Cuellar T.L., McManus M.T. MicroRNAs and endocrine bi- ology // J. Endocrinol. — 2005. — Vol. 187. — P.327—332.

Doench J.G., Petersen Ch.P., Sharp Ph.A. siRNA can function as miRNA // Genes and Dev. 2003. Vol. 17. — P. 438—442.

Elmen J., Lindow M., Silahtaroglu A. et al. Antagonism of micro-RNA-122 in mice by systematically administered LNA-anti- miR leads to up-regulation of a large set of predicted target m RNA in the liver // Nucleic Acid Research. — 2008. — Vol. 36, ¹4. — P.1153—1162.

Friedman R.C., Farh K.K.-H., Burge C.B. et al. Most mam- malian mRNAs are conserved targets of microRNAs // Genome Res. — 2009. — Vol. 19. — P.92—105.

Gregory R.I., Yan K.P., Amuthan G. et al. The micropro- cessor complex mediates the genesis of microRNAs // Nature. — 2004. — Vol. 432. — P.235—240.

Griffiths-JonesS.,GrocockR.,vanDongenS.etal.miRBa- se: microRNA sequences, targets and gene nomenclature // Nucleic Acids Research. — 2006. — Vol. 34. — P.D140—D144.

Grishok A., Pasquinelli A.E., Conte D. et al. Genes and mechanisms related to RNA interference regulate expression of the small temporal RNAs that control C.elegans development timing // Cell. — 2001. — Vol. 106. — P.23—34.

Han J., Lee Y., Yeom K.-H. et al. The Drosha-DGCR8 complex in primary microRNA processing // Genes and Dev. — 2004. — Vol. 18. — P.3016—3027.

Harvey S.J., Jarad G., Cunningham J. et al. Podocyte-Speci- ficDeletionofDicerAlterscytokeletalDynamicsandCausesglome- rular disease // J. Am. Soc. Nephrol. — 2008. — Vol. 19. — P.2150—2158.

Horikawa Y., Wood C.G., Yang et al. Single nucleotide po- lymorphism of microRNA machinery genes modify the risk ofrenal cell carcinoma // Clinical. Cancer research. — 2008. — Vol. 14. — P.7956—7962.

Hsu P.W.C., Hung H.-D., Hung Sh.D. et al. miRMAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mam- maliangenomes//NucleicAcidsResearch.—2006.—Vol.34.— P.D135—D139

John B., Enright A.J., Aravin A. et al. HumanmicroRNA targets // PLoS Biol. — 2004. — ¹2. — P.e363.

Kiriakidou M., Nelson P.T., Kouranov A. et al. A combined computational-experimental approach predicts human microRNA targets // Genes and Dev. — 2004. — Vol. 18. — P.1165—1178.

Lagos-Quintana M., Rauhut R., Meyer J. et al. New microRNAs from mouse and human // RNA. 2003. Vol. 9. P.175—179.

Lai E.C. Micro RNAs are complementary to 3’ UTR sequence motifs that mediate negative post-transcriptional regulation // Nat. Genet. — 2002. — Vol. 30, ¹4. — P.363—364.

Landthaler M., Yalcin A., Tuschl T. The human DiGeorge syndromecriticalregiongene8andItsD.melanogasterhomologare required for miRNA biogenesis // Curr. Biol. — 2004. — Vol. 14, ¹23. — P.2162—2167.

Lee J.-W., Choi C.H., Choi J.-J. et al. Altered MicroRNA Expression in cervical Carcinoma // Clin. Cancer. Res. — 2008.— Vol. 14, ¹9. — P.2535—2542.

Lee Y., Ahn C., Han J. et al. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing // Nature. — 2003. — Vol. 425. — P.415—419.

LeeY.,KimM.,HanJ.etal.MicroRNAgenesaretranscribedby RNApolymeraseII//EMBOJ.2004.Vol.23.P.4051—4060.

Lewis B.P., Shih I.H., Jones-Rhoades M.W. et al. Predicted of mammalianmiRNAtargets//Cell.2003.Vol.115.P.787—798.

Lim L.P., Glasner M.E., Yekta S. et al. Vertebrate microRNA genes // Science. — 2003à. — Vol. 299. — P.1540.

Lim L.P., Lau N.C., Weinstein E.G. et al. The microRNAof Caenorhabditiselegans//GenesDevel.—2003á.—Vol.17,¹8.— P.991—1008.

Melo S.A., Repero S., Moutinho C. et al. A TARBP2 mutation in human impairs microRNA processing and DICER1function

// Nat. Genet. — 2009. — Vol. 41, ¹3. — P. 365—370.

Merritt W.M., Lin Y.G., Han L.Y. et al. Dicer and Drosha, and outcomes in patients with ovarial cancer // N. Engl. J. Med. — 2008. — Vol. 359. — P.2641—2650.

Milhavet O., Gary D.S., Mattson M.P. RNA interference in biologyandmedicine//Pharmacologicalrewies.—2003.—Vol.55.

— P. 629—648.

MourelatosZ.,DostieJ.,PaushkinS.etal.miRNPs:Anovel class of ribonucleoproteines containing numerous microRNAs // Genes and Dev. — 2002. — Vol. 16. — P.720—728.

Nam S., Kim B., Shin S., Lee S. miRGator: an integrated systemforfunctionalannotationofmicroRNAs//Nucl.Aci.Res.— 2008. — Vol. 36. — P. D159—D164.

Nam S., Li M., Choi K., Balch C., Kim S., Nephew K.P. MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining biological functions of microRNA expression // Nucleic Acids Research. — 2009. — Vol. 37. — P.W356—W362.

Rao P.K., Toyama Y., Chiang Y.R. et al. Los of Cardiac mic- roRNA-mediated regulation leads to dilate cardiomyopathy and heart fa- ilure // Circulation Research. 2009. Vol. 105. P.585—594.

RenX.P.,WuJ.,WangX.etal.MicroRNA-320isinvolveinthe regulation of cardiac ischemia/reperfusion injury be targeting heat-shock protein20//Circulation.2009.Vol.119,¹17.P.2357—2366.

Rodriguez A., Griffiths-Jones S., Ashurst L., Bradley A. Identification of mammalian microRNA host gene and transcription unit // Genome Res. — 2004. — Vol. 14. — P.1902—1910.

Smalheiser N.R., Torvik V.I. A population-based statistical approach identifies parameters characteristic of human mic- roRNA-mRNA interactions // BMC Bioinformatics. — 2004. — Vol. 5. — P.139—146.

Song R., Rp S., Michaels J.D. et al. Many X-linced mic- roRNAs escape meiotic sex chromosome inactivation // Nature ge- net. — 2009. — Vol. 41, ¹4. — P.488—493.

SoodP.,KrekA.,ZavolanM.etal.Cell-type-specificsigna- ture of microRNAs on target mRNA expression // PNAS. —2006.

— Vol. 103, ¹8. — P. 2746—2751.

StarkA.,BrenneckeJ.,BushatiN.etal.AnimalmicroRNAs confer robustness to gene expression and have a significant impact on3’UTRevolution//Cell.—2005.—Vol.123.—P.1133—1146.

StarkA.,BrenneckeJ.,RussellR.B.,CohenS.M.IdentificationofDrosophilamicroRNAtarget//PLoSBiol.—2003.—¹1.

— P. E60.

Tapocik J.D., Lewin N., Mayo C.L. et al. Identification of candidategenesandgenenetworksspecificallyassociatedwithana- lgesic tolerance to morphine // J. Neurosci. — 2009. — Vol. 29. — P.5295—5307.

vanRooijetal.Controlofstress-dependentcardicgrowsand gene expression by microRNA // Science. — 2007. — Vol. 316. — P.575—579.

Volpe T.A., Kidner C., Hall I.M. et al. Regulation of Hete- rochromatic Silencing and Histone H3 Lysine-9 Methylation by RNAi // Science. — 2002. — Vol. 297. — P.1833—1837.

WangX.miRDB:AmicroRNAtargetpredictionandfuncti- onal annotation database with a wiki interface // RNA. — 2008. — Vol. 14. — P.1012—1017.

Wang Y., Lee A.T.C., Ma J.Z.I. et al. Profiling MicroRNA Exp- ression in Hepatocellular Carcinoma Reveals MicroRNA-224 Up-regu- lation and Apoptosis Inhibitor-5 as a MicroRNA-224 specific Target //J. of Biol. Chem. 2008. Vol. 283, ¹19. P.13205—13215

WeberM.J.NewhumanandmousemicroRNAgenesfoundby homology search // FEBS J. — 2005. Vol. 272. — P.59—73.

Weinberg M.S., Wood J.A. Short non-coding RNA biology andneurodegenerativedisorders:noveldiseasetargetsandtherapeu- tics // Hum. Mol. Genet. — 2009. — Vol. 18. — P.R27—R39.

Xin F., Li M., Balch C. åt al. Computation analysis of mic- roRNA profoles and their target genes suggest significant involve- ment in breast cancer antiestrogen resistance // Bioinformatics. — 2009. — Vol. 25, ¹4. — P.430—434.

Xu J., Hu Z., Xu Z. et al. Functional variant in mic- roRNA-196a2contributestothesusceptibilityofcongenitalheartdi- sease in Chine population // Hum. Mutat. — 2009. — Vol. 30,¹8.

— P. 1231—1236.

YangH.,DinneyC.P.,YeY.etal.Evaluationofgeneticva- riants in miroRNA-related genes and risk of bladder cancer // Can- cer Res. — 2008. — Vol. 68, ¹7. — P.2530—2537.

Ye Y., Wang K.K., Gu J. et al., Genetic variations in mic- roRNA-relatedgenesarenovelsusceptibilitylociforesophagealcancer risk//Cancerpreventionresearch.2008.Vol.1.—P.460—469.

Yi R., Qin Yi, Macara I.G., Cullen B.R. Exportin-5 media- tes the nuclear export of pre-microRNAs and short hairpin RNAs // Gen. and Dev. — 2003. — Vol. 17. — P.3011—3016.

ZengY.,CullenB.R.RNA:structure,metabolism,andcata- lysis:EfficientProcessingofPrimarymicroRNAHairpinsbyDrosha Requires Flanking Nonstructured RNA Sequences // J. Biol.Chem.

— 2005. — Vol. 280. — P. 27595—27603.

ZhangC.MicroRNomics:anewlyemergingapproachfordisea- sebiology//Physiol.Genomicsw.2008.Vol.33.P.139—147.

ZhaoY.,SamalE.,SrivatavaD.Serumresponsefactorregu- lates a muscle-specific micro-RNA that targets Hand2 during cardi- ogenesis // Nature. — 2005. — Vol. 435. — P.214—220.

http://mirdb.org

http://pictar.mdc-berlin.de/

http://watson.compbio.iupui.edu:8080/miR2Disease/index.jsp

http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

http://www.targetscan.org/

Просмотров работы: 65