XI Международная студенческая научная конференция Студенческий научный форум - 2019
Оценка эффективности методов экстракции тотальной ДНК из образцов почвы
Полная версия работы доступна во вкладке "Файлы работы" в формате PDF
Выбор эффективного метода выделения ДНК является одним из наиболее важнейших звеньев в постановке исследования с метагеномными образцами, в связи с тем, что от качества правильно выделенной ДНК зависит вся дальнейшая научная деятельность. Помимо этого, исследователю, следует учесть то, что главной особенностью при выборе метода экстракции ДНК из почвы и прочих объектов исследований имеет особое значение коэкстракция побочных продуктов, способных ингибировать амплификацию, так как экстракт, выделенный с наименьшим количеством сопутствующих веществ, легче очистить для дальнейшего проведения исследования.
Целью данной работы являлся выбор наиболее эффективного метода экстракции тотальной ДНК микроорганизмов из образцов почвы, пригодной для дальнейшего исследования.
Образцы почвы были предоставлены Институтом клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН и хранились в замороженном состоянии (-20 ) при естественной влажности.
В работе приведено сравнение методов ранее уже успешно применявшихся различными научными группами по трем критериям: 1) получение максимального количества молекул ДНК, 2) экстракция ДНК максимальной длины и 3) получение наименьшего количества сопутствующих веществ, ингибирующих амплификацию.
ДНК из образцов почвы выделяли методами измельчения в жидком азоте и с использованием протеиназы К и SDS. Количество выделенной ДНК сопоставляли между собой по интенсивности свечения дорожек в ультрафиолетовом свете окрашенного бромистым этидием геля агарозы, так как провести проверку концентрации ДНК с помощью спектрофотометра невозможно, из-за наличия в растворе гуминовых кислот и фенола, которые интенсивно поглощают свет.
Результатом работы стал вывод о том, что максимальное количество ДНК выделяется методом с использованием протеиназы К и SDS, он же является и наиболее чистым методом относительно экстракции ДНК без использования жидкого азота в работе, экстрагируя наименьшее количество ингибирующих веществ, что упрощает очистку экстракта для проведения амплификации.
Метод измельчения в жидком азоте показал менее эффективный результат из-за того, что при помощи этого метода не всегда удается получить фрагменты ДНК размером более 23 тысяч пар оснований, что возможно зависят от грубых механических воздействий.