X Международная студенческая научная конференция Студенческий научный форум - 2018

Одной из наиболее актуальных и сложных проблем в современной микробиологии является правильный подбор определенного метода выделения ДНК для проведения идентификации штаммов микроорганизмов или процедур трансформации. Некоторые методы могут вносить искажение в результат количественного анализа за счет неэффективного лизиса клеток, наличия в препарате ферментативных и других ингибиторов, а также потери ДНК или нарушения ее структуры. Кроме того, качество препарата оказывает влияние на достоверность анализа, основанного на методах прямого определения нуклеотидной последовательности, широко применяемых при изучении структуры сообществ. Основной проблемой, которая должна быть учтена при выборе методики выделения бактериальной ДНК, является неоднородность свойств микроорганизмов, среди которых особенно следует выделить свойства их клеточных стенок.

Целью данной работы явилось сравнение эффективности выделения ДНК из грамположительных и грамотрицательных микроорганизмов на примере Bacillus cereus IP 5832 и Escherichia coli K12 TG1.

Микроорганизмы выращивались на стандартных питательных средах (МПА) при 37 ºС в течение 24 часов. Для выделения ДНК использовался набор «ДНК-сорб АМ», основанный на использовании твердофазной методики. Сравнение эффективности выделенной ДНК проводили с помощью гель-электрофореза в 0,8% агарозном геле при напряжении 5 В/см и оценке результатов с использованием компьютерного анализа оптических изображений в программе ImageJ.

Результатом работы стал вывод о большем количестве выделенной ДНК при стандартизованном количестве клеток из Bacillus cereus, в 2,3 раза превышающем количество ДНК, полученное из Escherichia coli, что связано с особенностями строения клеточной стенки грамотрицательных бактерий. Полученные данные приводят к заключению о необходимости проведения дополнительного этапа перед началом выделения ДНК, касающегося нарушения поверхностных структур клеток, например, с использованием фермента лизоцима или детергента, сравнение эффективности использования которых станет следующим этапом исследования.

Код для цитирования: Скопировать