Разрушение пестицидов в окружающей среде протекает довольно медленно. Химическая структура их такова, что они не должны быстро разрушаться, иначе их действие будет непродолжительным. В зависимости от условий разрушение пестицидов может протекать по окислительному и по восстановительному механизмам. В аэробных условиях разложение большинства пестицидов протекает по окислительному механизму. Многие нематоциды, фунгициды, акарициды относятся к галогенсодержащим соединениям. На степень их микробного разрушения влияют тип, количество атомов и позиция галогенов-заместителей. Относительная важность этих трех показателей зависит от класса соединений.
Среди почвенных микроорганизмов сравнительно немного видов и штаммов, способных метаболизировать пестициды. Относительное содержание ростового субстрата, в почве невелико. Он быстро используется микроорганизмами, конкурирующими за источники питания. Микроорганизмам-трансформаторам пестицидов достается какая-то небольшая часть его, которая не может в заметной степени генерировать процесс разрушения пестицида. Микроорганизмы, способные разлагать пестициды, могут использовать другой более приемлемый для них источник углерода и энергии, но в таком случае их потенциальные возможности не реализуются, пестициды не разлагаются.
Внесенные в почву пестициды угнетают ее биологическую активность, поэтому предусматривается запретить использование стойких к разрушению пестицидов, внедрить биологические методы защиты.