Для достижения стратегических целей предприятия формируют и реализуют портфели инвестиционных и, в том числе, инновационных проектов. Однако поставленные цели могут быть не достигнуты в ходе реализации инновационных проектов вследствие реализации различных угроз (внешних и внутренних факторов ИР). Внутренним резервом повышения эффективности управления процессом достижения целевого результата предприятия является составление и реализация на основе системного риск-анализа программы управления ИР, представляющей собой организованный по срокам и ресурсам комплекс мероприятий реагирования на ИР. Для решения этой проблемы необходимо создание теоретических основ и методологии управления ИР, которая не только позволяет существенно сократить потери эффекта от инвестиций в инновационные проекты, но также использовать открывающиеся благоприятные возможности, что, в свою очередь, существенно повышает эффективность инновационно-инвестиционной деятельности в промышленности.
В этой связи, можно сформулировать важную народнохозяйственную проблему разработки методологии построения системы управления ИР в промышленности как необходимого элемента ее развития и модернизации.