Министерством путей сообщения в феврале 1909 года была создана межведомственная комиссия для составления плана работ по улучшению и развитию водных путей. Ею ставились вопросы по улучшению судоходства. Вологодское губернское земство также уделяло большое внимание вопросам функционирования и совершенствования Сухоно-Двинского водного пути, особенно настаивая на проведении дноуглубительных и дноочистительных работ. Губернское земство стремилось выяснить проблемы судоходства, определить размеры ассигнований, на которые оно могло рассчитывать, направляя ходатайства в центральные ведомства. Так, в мае 1909 года вологодской губернской земской управой был поднят вопрос об объединении северо-западных водных путей с реками восточного региона и проведении экспедиции в 1912 году для составления проекта о соединении рек Вычегды и Печоры.
На совещаниях межведомственной комиссии и вологодского земства неоднократно обсуждался вопрос о необходимости устройства новых затонов на Сухоно-Двинском пути. Действующие затоны не соответствовали масштабам флота бассейна (около 600 судов) и не были безопасными при ледоходе. Для улучшения обстановки предлагалось устроить затон у г. Вологды на реке Шограш для зимовки части судов. Работа межведомственной центральной комиссии и вологодского губернского земства не прошла бесследно. В 1911 году начались работы по расчистке р. Сухоны и Кубенского озера.
Таким образом, центральные учреждения и местные органы самоуправления в начале XX века совместно ставили и решали назревшие вопросы по поддержке и улучшению водной системы в северном регионе.