В контексте синергетического подхода развитие региональной системы можно представить как смену устойчивых состояний и бифуркационных скачков, иначе - смену эволюционных и революционных фаз. В эволюционной фазе система способна гасить внутренние и внешние возмущения сохраняя свои параметры в определенной области значений. Однако нарастание энтропии снижает способность системы к адаптации и приводит к постепенному накоплению количественных и качественных изменений параметров. При достижении параметрами системы бифуркационных значений осуществляется переход к революционной фазе - максимальной неустойчивости системы, при которой даже малые флуктуации приводят к качественному изменению системы - в терминологии теорий самоорганизации - скачку или катастрофе. В этой фазе развитие имеет непредсказуемый характер причем, чем более сложной является региональная система, тем больше число состояний, при которых может произойти скачок и число возможных путей развития.
Смена состояний устойчивости и неустойчивости является необходимым условием развития любой системы. Абсолютно неустойчивая система, не способная к нейтрализации возмущений, быстро разрушается. Суперустойчивая система, подавляя любые флуктуации не способна к качественному изменению, но неизбежно наращивает энтропию. В результате оба крайних варианта приводят к хаосу.
В процессе самоорганизации осуществляется связь структурных уровней разного масштаба в виде кооперации частей системы с возникновением нового качества, обеспечивающего появление синергетического эффекта. Синергетический эффект может быть как отрицательным, так и положительным. Иначе говоря, если взаимодействие участников системы не будет эффективным, направленным на повышение ее устойчивости, мы можем получить резонансный эффект по его разрушению. Величина как положительного, так и отрицательного синергетического эффектов взаимодействия элементов системы значительно больше, чем сумма эффектов, действующих независимо.
По нашему мнению устойчивым инновационным развитием региональной системы в контексте синергетического подхода является такой вариант развития, при котором в течение длительного периода в результате внедрения инноваций происходит переход системы от одного устойчивого состояния к другому.