На практике выявилось значительное количество проблемных вопросов, связанных как с практикой применения Закона №294-ФЗ, так и с несовершенством этого Закона. Некоторые виды контроля (надзора) после принятия Закона оказались законодательно неурегулированными. Отсутствует разъяснение ряда понятий, употребляемых в Законе. В тексте Закона присутствуют ошибки, что препятствует полноценной защите прав предпринимателей. К настоящему времени уже накоплен определенный опыт применения ФЗ от 26 декабря 2008 г., который показал, что помимо позитивных результатов выявилось значительное количество проблемных вопросов, связанных как с практикой его применения, так и с несовершенством этого ФЗ. Анализ практики прокурорского надзора показал, что в первую очередь необходимо обратить внимание на следующие проблемы.
Так, некоторые виды контроля (надзора) вообще выпали из зоны действия ФЗ от 26 декабря 2008 г., поскольку в нем нет оснований для проведения внеплановых проверок в некоторых областях. Это, в частности, земельный контроль, контроль за объектами культурного наследия, пробирный надзор. Поскольку в ст. 1 не указано, что эти виды контроля не подпадают под действие ФЗ от 26 декабря 2008 г., они, по сути, оказались законодательно неурегулированными, что создает предпосылки как для нарушения прав предпринимателей, свободы их экономической деятельности, так и для злоупотреблений со стороны самих хозяйствующих субъектов. Например, нет ясности в таком существенном вопросе, как статус органов, осуществляющих пробирный надзор и государственный контроль за качеством сортировки и оценки драгоценных камней, - Гохрана России и Пробирной палаты России. Эти учреждения образованы в соответствии с Постановлением и распоряжением Правительства РФ от 2 февраля 1998 г. и от 12 января 2005 г. Положением о Пробирной палате России на учреждение возложены полномочия по осуществлению федерального пробирного надзора, в том числе государственного контроля за исполнением законодательства всеми юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями в области производства, извлечения, переработки, использования, обращения, учета и хранения драгоценных металлов, драгоценных камней и изделий из них. В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 5 апреля 1999 г. государственный контроль за качеством сортировки и оценки драгоценных камней также осуществляет Пробирная палата России.
Однако в настоящее время указанные органы, имея статус учреждений, не могут в соответствии с понятием государственного контроля, приведенного в ст. 2 ФЗ от 26 декабря 2008 г., осуществлять мероприятия по контролю. В соответствии с названной статьей государственный контроль (надзор) - это деятельность исключительно уполномоченных органов государственной власти (федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов РФ), но не учреждений.
До настоящего времени Министерство финансов РФ не решило вопрос по организации контрольно-надзорной деятельности государственных инспекций пробирного надзора. Сокращенные сроки проведения плановых проверок не позволяют провести необходимые исследования, нет административных регламентов проведения проверок. В связи с этим проведение самостоятельных проверок временно приостановлено.